3月19日 上海微系统所召开行政领导班子届中考核会，中科院院长白春礼率考核组对本届班子两年半来的情况进行考核，充分肯定了本届领导班子的工作成绩。

4月2日中国工程院院士、著名冶金和微电子学家、上海微系统所研究员徐元森先生遗体告别仪式在上海龙华殡仪馆银河厅举行。徐元森先生因病医治无效，于2013年3月27日6：06在上海华东医院逝世，享年87岁。

4月16日 中科院院长白春礼到上海微系统所调研指导工作，考察了物联网系统实验室仿生3D研发中心的科研进展，观看了自主研发的“全自动3D摄影系统”拍摄的三维视频演示。

5月8日 物联网系统技术实验室仿生3D研发中心最新研制的“全自动3D拍摄系统”参展上海国际技术进出口交易会，应邀参展的还有上海微系统所自主研制的国内首套多通道低温超导心磁图仪。

5月30日 第三届超导器件前沿应用国际研讨会在上海召开。大会由上海微系统所主办，来自美国、德国、英国、日本、韩国、澳大利亚等国家和地区的70余名专家学者出席大会。

6月15日 中华全国青年联合会副主席、上海微系统所所长、中国科学院院士王曦出席了在厦门大学举办的第十一届海峡青年论坛并致辞。

7月1日 上海微系统所获“上海市文明单位”称号，是1984年以来连续第十六次获此殊荣。

7月8日 信息功能材料国家重点实验室成功研制出激射波长达2.7微米的激光器，是目前国际上激光器所能实现的最长激射波长。研究成果在Applied Physics Letters上发表，引起国际上的广泛关注。

7月22日 太赫兹科学与应用国际研讨会在上海微系统所召开。来自日本、澳大利亚、英国、韩国、新加坡等国家和地区的80余名专家学者出席大会。

8月20日 第十届全国分子束外延学术会议在上海召开。大会由上海微系统所承办，来自全国20多个科研院所和高校及近十家公司的160多名专家学者和研究生参加了此次学术交流。

9月8日 第三届中日信息及电子材料研讨会在上海微系统所召开。本次会议由中国科学院、日中科学技术交流协会共同举办，上海微系统所承办。

9月24日 中芬信息通信技术联盟第六次会议在上海微系统与所召开。清华大学、北京邮电大学、上海交通大学、芬兰University of Oulu、Aalto University等18家项目参与单位出席会议。 

9月30日 “微时空·芯天地”—嘉定国科创智天地产业园区项目合作签约仪式在嘉定举行，嘉定工业区、上海新微电子有限公司和瑞安地产三方代表就“微时空·芯天地”－嘉定国科创智天地产业园区项目合作签约。

10月1日 上海微系统所党委副书记俞跃辉研究员获得2013年亥姆霍兹联合会杰出国际科技合作奖"Helmholtz International Fellow Award"。

10月9日 上海微系统所、中国科学院院士王曦被聘为上海市决策咨询委员会委员，中央政治局委员、市委书记韩正为王曦颁发新一届决策咨询委员会委员聘书。

10月14日 由SOI产业联盟、上海微系统所、芯原股份有限公司共同主办的SOI技术国际高峰论坛在上海召开。来自半导体行业领先企业、高校、研究院所的60余位高管和专家出席本次会议。

11月13日 上海微系统所承担的国家重大科学研究计划项目“半导体相变存储器”启动会在上海召开。该项目是上海微系统所承担的第一个“超级973”（A类）项目，至此已囊括了我国所有的PCRAM项目。

11月15日 信息功能材料国家重点实验室在超导单光子探测器件自主研制取得突破性进展，在1.5微米工作波长、暗计数10OHz条件下，最高探测效率超过55%，性能达到国际先进水平。自主高性能探测系统成功应用于在北京和合肥两地分别开展的量子通信实验，包括中距离高速量子密钥分发实验以及百公里级测量设备无关的量子密钥分发实验，表明我国量子通信有了自主高性能单光子探测技术。